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技术支持
转录组测序常见问题
Q1:转录组测序相比其他检测方法(如芯片检测、EST文库法等)的优势是什么?A1:1)可以对任意物种进行全转录组分析,无需预先设计特异性探针,无需了解物种基因信息,能够直接对任何物种进行转录组分析,并且避免了芯片杂交存在的交叉反应和背景噪音。2)覆盖度很高,深度测序可以检测到几乎所有的转录组片段序列,能够发现未知基因。……[阅读全文+]
RNA-Seq Quantification测序常见问题
Q1:原核生物可以做RNA-Seq Quantification分析吗?A1:可以。真核生物、原核生物均可以。Q2:没有参考基因组序列的物种可以做RNA-Seq Quantification分析吗?A2:可以,但要求有该物种的其他参考序列,如unigene序列、mRNA序列、CDS序列等。Q3:RNA-Seq Quan……[阅读全文+]
lncRNA测序常见问题
Q1:目前什么物种可以进行lncRNA测序?A1:具有参考基因组序列的动植物等均可进行lncRNA测序。Q2:从total RNA中富集lncRNA为什么采用去rRNA的方式?A2:细胞内的lncRNA约80%不具有polyA尾结构,无法用oligo(dT)磁珠的方法调取得到完整的lncRNA , 采用去rRNA的方式……[阅读全文+]
Small RNA测序常见问题
Q1:如何分离得到Small RNA?A1:Small RNA长度在50nt左右,一般使用PAGE 胶分离不同片段大小的 RNA后,切胶回收18-30nt或18-40nt的条带,即可得到大部分的Small RNA。Q2:Small RNA文库构建失败的原因有哪些?A2:建库成功与否与样品质量关系很大,如果样品总量低、质……[阅读全文+]
circRNA测序常见问题
Q1:目前可以做circRNA测序的物种有哪些?A1:具有参考基因组序列的动植物等均可进行circRNA测序,目前主要集中在模式物种。Q2:如何分离得到circRNA?A2:circRNA具有闭合环状结构,比线性RNA更加稳定,其分离方法主要是先去除rRNA,再用RNase R消化线性RNA。Q3:circRNA一般会……[阅读全文+]
全转录组关联分析常见问题
Q1:转录组关联分析必须同时对所有RNA进行建库测序吗?A1:不是的,可以根据课题实际情况,结合所研究的物种是否有已知的数据(miRNA数据库、已知的lncRNA或circRNA序列等)来设计需要测序的RNA种类。Q2:转录组关联分析可以怎么设计?A2:可以是mRNA与miRNA关联分析,也可以是mRNA+miRNA+……[阅读全文+]
PacBio全长转录组测序常见问题
Q1:PacBio平台的测序原理?A1:PacBio是基于单分子实时测序Single-Molecule,Real-Time(SMRT)技术:建好的文库 放在SMRTCell上进行测序,SMRTcell中有15万个Zero-ModeWaveguides(ZMWs)孔,每个孔下面固定DNA合成酶,当待测DNA分子下降到孔……[阅读全文+]
单细胞转录组测序常见问题
Q1:单细胞转录组可以用于哪些类型的细胞?A1:可用于哺乳动物的生殖细胞、早期胚胎细胞、部分体细胞、免疫细胞等。不同类型的细胞,成功率和风险也有所不同。总体来说,生殖细胞和早期胚胎细胞的成功率比较高,可达到 70~90%。其次是细胞直径大于 10µM 的游离单细胞(如 CTC)、细胞系等。有特殊结构、较小的细胞,风险比……[阅读全文+]
基因组Survey常见问题
Q1:动植物基因组Survey的目的是什么?A1:动植物基因组Survey分析可以得到基因组大小、杂合度高低、重复序列多少和是否含有污染基本信息,然后依据这些基因组信息来制定相应的测序策略。Q2:K-mer 分析选择不同长度的原因?A2:原因是ATCG四种不通过的碱基组成的长度为17的核苷酸占大多数,由于Reads上存……[阅读全文+]
基因组De novo常见问题
Q1:什么是Read、Contig、Scaffold?A1:Read:测序读到的碱基序列片段。Contig:由reads通过对overlap区域拼接组装成的没有gap的序列段。Scaffold:通过pair ends 信息确定出的contig 排列,中间有gap。Q2:什么是Contig N50和Scaffold N5……[阅读全文+]
线粒体/叶绿体De novo常见问题
Q1:叶绿体/线粒体基因组测序承诺指标吗?A1:基因组大小需小于500Kb,完成指标包括小片段文库构建、测序、数据过滤得到100Mb clean data、组装,但是不承诺组装指标。 Q2:线粒体DNA样品,如何检测不是线粒体DNA呢?A2:目前实验样本检测没有检测线粒体DNA混有DNA的步骤,我们默认客户送的DNA样……[阅读全文+]
基因组重测序常见问题
Q1:什么是重测序(re-sequencing)?A1:重测序(re-sequencing)是对基因组序列已知物种的个体进行基因组测序,并在个体或群体水平进行差异分析的方法。在样品检测合格后,预计2个月完成测序及信息分析。包括全基因组重测序(whole genome re-sequencing)和目标区域重测序(tar……[阅读全文+]

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