m6A文章常见研究方向主要包括以下三种，三个研究方向从宏观到具体、从粗到细、层层递进的过程。

1. 通过m6A-seq，宏观研究m6A修饰的分布和差异与表型的潜在关系。

2. 研究某个或某些参与m6A修饰的酶，该酶可能影响多个相关peak的形成，关注酶在m6A修饰过程起到的作用以及对下游的基因表达和生物学功能的影响。

3. 研究m6A修饰的基因，关注m6A修饰对基因表达的调控机制。

m6A文章主要应用的湿实验验证方向和技术如下。

这篇文章我们先只分享第一种思路方向，从全局出发研究m6A甲基化修饰。

该思路主要针对此前没有或者极少RNA甲基化相关报道的物种，先从宏观的测序角度，寻找时期、部位、不同性状间的m6A修饰差异。使用meRIP-seq或加转录组测序，对测序结果的图形和表格，进行有逻辑的罗列展示，以得到初筛的目标结果和框架性研究结果。

3种器官m6A修饰的mRNA分布。三种器官m6A修饰富集于3’UTR区，说明m6A甲基化的位置在器官间具有相似性。

3种器官间m6A修饰以及mRNA差异统计。通过统计不同器官间m6A修饰与转录本差异数量，表明mRNA的m6A修饰是一种相对独立事件。

3种器官m6A修饰的mRNA位点统计。在叶、花、根中超过80%m6A修饰的mRNA重叠，说明m6A在器官间的表达具有相似性。

拟南芥m6A的motif分析。超过17%的m6A修饰的mRNA为>4个甲基化位点，和已报道的人类m6A模式（5.5%）存在差异性，说明不同物种间的m6A修饰存在差异。超过75%的m6A修饰为RRm6ACH模式，与其他物种所报道的相同，说明m6A修饰模式具有保守性。

然后再进行不同器官之间peak比较分析。

共有peak分析： 290个（5.1%）共有peak关联的mRNA主要富集在核内、转运蛋白、防御或应激反应、核酸结合、转录调控等有关功能。

特有peak分析：花中甲基化基因与RNA降解、DNA复制和蛋白质合成代谢的代谢途径等相关。根中呈现更高甲基化的基因涉及生物碱的生物合成和碳酸盐代谢。叶广泛甲基化基因主要与光合作用、转录的调节、昼夜节律等相关。

该文章从整体上对测序结果进行挖掘和整理，从宏观上结合试验设计来说生物学故事（不同物种之间宏观比较，不同器官之间比较）。该文章思路较简单，也无更多湿实验。